Paris, Porte de la Chapelle. Les migrants tombent comme des mouches, foudroyés par une substance toxique. Les soupçons se portent spontanément sur les Vicaires, un groupuscule d'ultra-droite dirigé par le charismatique Stéphane Zenner.
Pour Ravard, enquêteur de la section antiterroriste, c'est le début d'une traque intense. Elle le conduira dans les limbes d'un Paris occulte et mettra sur sa route un spécialiste du paranormal et une étudiante fascinée par les réseaux de rencontres secrets.
Mais tandis qu'il poursuit un médecin-chercheur acquis aux idées de Zenner, c'est le réel qui se met à trembler.
Mycélium est la rencontre, sur une table de dissection, entre le récit de « menus faits » façon Nadja d'André Breton et la dimension surnaturelle de Scanners de Cronenberg.