À Tel-Aviv, une équipe de cinéma hollywoodienne tourne un biopic sur Abie Nathan, militant pacifiste tombé dans l'oubli. Parmi ses hauts faits, le Voice of Peace, une radio-pirate ancrée au large d'Israël dont les millions d'auditeurs se comptaient de Beyrouth jusqu'au Caire. C'est auprès du meilleur ami d'Abie, Zeev Stein, que le réalisateur prend conseil. Ce brillant avocat des droits civils, proche du camp de la paix, forme avec Hélène un couple iconique de la vie telavivienne. Leur fille, Yonah, tente de trouver sa place dans leur ombre. Mais la vie des Stein, lézardée par des blessures intimes, bascule quand la star du film disparaît... à Gaza.
Yonah ou le chant de la mer fait le pari de l'humanité, et révèle à travers l'histoire d'une famille morcelée celle d'un pays où certains gardent encore espoir.