Janvier 1492. Dans un pays ruiné par la guerre, Isabelle de Castille et Ferdinand d'Aragon prennent possession de Grenade, dernière enclave musulmane de la péninsule Ibérique. Une messe est aussitôt célébrée dans la grande mosquée transformée en cathédrale. Torquemada, le Grand Inquisiteur, est dans les premiers rangs. Il prépare déjà son décret d'expulsion des juifs destiné à garantir l'unité religieuse du royaume. Derrière lui, perdu dans la foule, Christophe Colomb chante le Te Deum à l'unisson des fidèles. Depuis des années, il attend le financement de son expédition qui doit le conduire vers les Indes occidentales.
À travers ces trois histoires - la Reconquête espagnole contre les musulmans, la lutte de l'Inquisition contre les juifs et les préparatifs du voyage de Colomb -, La Confusion du monde raconte la naissance d'un nouveau monde.