Mars 2011, à la suite d'un tremblement de terre et d'un tsunami, le Japon connait une catastrophe nucléaire sans précédent.
La zone radioactive autour de la centrale est évacuée, perdue pour l'être humain.
Naoto Matsumura, fermier, brave l'interdit et retourne chez lui pour ne pas laisser mourir ses bêtes.
Dès lors, il va prendre soin de tous les animaux abandonnés. Au péril de sa vie, il va devenir... le gardien de Fukushima.