En 1838, le jeune Friedrich Klincksieck est appelé par Treutell et Wurtz, installés au 11 de la rue de Lille à Paris. En 1842 Friedrich rachète la librairie à ses patrons. L’activité éditoriale de la maison s’épanouit véritablement en 1869 lorsque Charles Klincksieck signe un premier contrat avec l’Académie des Inscriptions et Belles-Lettres. En 1989, la maison quitte le giron de la famille. En 1999, Klincksieck fusionne avec Didier Érudition, qui édite notamment des revues universitaires internationales, et reprend le fonds Méridiens Klincksieck. En 2001, la société d’édition Les Belles Lettres se porte acquéreur de la maison et lui offre une meilleure diffusion en librairie tout en maintenant son indépendance éditoriale.
Aujourd’hui, le catalogue comporte plus de 1 200 titres et chaque année une trentaine de nouveautés en sciences humaines sont publiées, privilégiant l’esthétique, les questions sur l’art, la rhétorique, la philosophie.