En 1995, les éditions Actes Sud publient leurs premiers livres jeunesse pour créer par la suite la marque Actes Sud Junior. En 2006, Thierry Magnier rejoint les éditions Actes Sud et prend la direction d’Actes Sud Junior tout en restant à la tête de sa maison, les éditions Thierry Magnier. Parce qu’il ne s’agit pas de fusionner, de confondre, mais de mener de front deux maisons avec leur identité, leur histoire et leurs auteurs, qui en font la richesse.
Actes Sud Junior publie aujourd’hui autour de 100 titres par an : des livres pour des enfants de 0 à 18 ans avec de très forts titres pour les tout-petits, comme la collection "Livres-Circuits", dans le domaine de la non-fiction, comme la collection "À petits pas" ou l’album Petites et grandes histoires des animaux disparus, ou dans les romans ados avec des auteurs connus comme Jean-Philippe Blondel ou Anne Vantal.